> po drugie juz ze wstepnych obliczen moge ci powiedziec ze
> wlasciwosci L i D glukozaminy nie sa takie same!! roznice sa zarowno
> w cieple tworzenia, energii, polu powierzchni czasteczki i jej
> objetosci! zgodze sie ze roznice moze nie sa powalajace ale napewno
> sa wazne ze statystycznego punktu widzenia!!
Czyli obliczenia zrobiłeś na niewystarczająco wysokim poziomie dokładności. Chiralność jest efektem kwantowym wynikającym z oddziaływania układu molekularnego z fotonami. Metody obliczeniowe zaimplementowane z Hypherchemie, zdaje się nie mają modułów obliczania oddziaływania cząsteczek z fotonami bo musiałbyć wprowadzić do danych długość fali fotonu, czego pewnie nie wprowadzałeś. Zauważone przez Ciebie różnice w wynikach obliczeń dla obu enencjomerów wynikają ze znalezienia jakichś płytkich minimów lokalnych. Dopiero analiza wartości własnych hessianu pozwala na jakie takie określenie, czy mamy do czynienia z minimum globalnym, choć z mojego dośwaidczenia wynika, że nawet to zależy od użytej metody kwantowochemicznej. Gdy chcesz odtwarzać entalpie Gibbsa zastosuj metodę PM3 albo PM5. Geometrię najlepiej odtwarzają metody ab initio albo DFT. Glukozamina jest skomplikowanym układem i łatwo znaleźć się na manowcach obliczeniowych.
Wojtek
Received on Sun Dec 18 20:19:09 2005
To archiwum zostało wygenerowane przez hypermail 2.1.8 : Sun 18 Dec 2005 - 21:12:01 MET