Re: L-glukozamina w hyperchem

At 20:54 2005-12-19 +0100, wojtex_tlen@tlen.pl wrote:
> >a poza
> > tym trzeba "widziec" to co moze wyjsc... minima lokalne tez moga sie
> > przydac, gdyz czasteczki nie sa zawsze w minimach globalnych.
>
>Ten fakt mnie zastanawia czasem. Po co modrować się z ulamkami kalorii na
>mol, żeby udowodnić, że otrzymaliśmy minimum globalne, skoro w zwykłych
>temperaturach energie nadane cząsteczce przez ruchy termiczne są rząd
>wieksze. Czy my nie przesadzamy z tymi wartosciami własnymi hessianu?

Masz całkowitą rację! Ja mam taką sytuację, że pochodne nukleozydów
występują zazwyczaj w równowadze między konformacją 2'-endo, a 3'-endo. Na
podstawie sprzężeń 1H NMR można określić populacje poszczególnych
konformerów. No i nie bardzo widzę, jak np. HyperChem mógłby sobie z tym
poradzić - program znajdzie minimum albo dla jednej, albo dla drugiej
konformacji, a w rzeczywistości przechodzą one ciągle jedna w drugą...

Podobną sytuację mają zresztą krystalografowie: podczas krystalizacji
cząsteczki mogą przyjmować konformacje, które nie mają wiele wspólnego z
sytuacją w roztworze.

Michał

-- 
Michał Sobkowski, IChB PAN, Poznań
http://www.man.poznan.pl/~msob/
"Każdy złożony problem ma proste, błędne rozwiązanie!"
[U. Eco]