Autor: toganicz_at_bilbo.cbmm.lodz.pl
Data: Thu 13 Dec 2001 - 09:34:32 MET

• Następna wiadomość: krzychu: "Re: dwutlenek uranu"
• Poprzednia wiadomość: Andrzej Ledwig: "Odp: ArgusLab version 3 (beta)"
• W odpowiedzi na: Andrzej Ledwig: "Odp: ArgusLab version 3 (beta)"
• Następna w wątku: Andrzej Ledwig: "Odp: Odp: ArgusLab version 3 (beta)"
• Odpowiedz: Andrzej Ledwig: "Odp: Odp: ArgusLab version 3 (beta)"

Andrzej Ledwig wrote:
>

> Mam takie pytanko dotyczace programow do modelowania czasteczek.
> Do rysowania wzorow chemicznych uzywam programu ChemSketch
> Program ten rowniez tworzy modele 3D (podobnie zreszta jak np
> ChemOffice).
> Jaka jest roznica pomiedzy tego typu programem a np. HyperChem'em
> (o tym programie tylko slyszalem, zreszta na tej na liscie). Czy
> chodzi o to,
> ze HyperChem i inne programy tej klasy wykonuja bardzo skomplikowane
> obliczenia kwantowo-mechaniczne i podaja wyniki z uwzglednieniem
> nie wiem: wielkosci atomu, dlugosci wiazan, dokladnego polozenia w
> przestrzeni
> a proste programy typu np ChemSketch po prostu rysuja czasteczke z
> atomami
> o nieproporcjonalnej wielkosci (wielkosc 'kulek' reprezentujacych
> atomy),
> takiej samej dlugosci wiazan a polozenie w przestrzeni okreslaja na
> podstawie
> typu hybrydyzacji (np sp2 to 120°)?

Mniej więcej tak.
Proste programy robią przestrzenne modele mniej więcej tak jak by się to robiło ręcznie przy pomocy modeli z kulek i patyczków. Z rzeczywistym położeniem atomów w prawdziwych związkach ma to tak na prawdę niewiele wspólnego.
Jak powszechnie wiadomo długosci wiązań chemicznych i ich kąty nie są stałe we wszystkich związkach tylko się zmieniają w zależnosci od układu i to nieraz w dosć duzym zakresie. Jest dużo różnych technik obliczeniowych pozwajalących obliczyć bardziej rzeczywiste położenie atomów, kąty wiązan i ich długosci i programy takiej jak HyperChem mają częsć z nich zaimplementowanych. Niektóre z tych metod pozwalają też liczyć energię wiązań i przestrzenne rozłożenie ładunku elektrycznego w cząsteczkach. Metody dzielą się z grubsza biorąc na:
- molekularną mechanikę - która traktuje wiązania jak rodzaj sprężyn a atomy jak rodzaj kulek o okreslonej masie i ładunku. Parametry "sprężyn" są sparametryzowane na podstawie analizy danych o kątach i energiach wiązań dużej liczby dobrze znanych cząsteczek.

• metody półempiryczne - metody te wykorzystują już obliczenia kwantowo-mechaniczne, równania opisujące energię i geometrię wiązań są jednak również sparametryzowane na podstawie danych z dużej liczby znanych cząsteczek.
• metody ab initio - teoretycznie te metody wychodzą z samej teorii kwantowo-mechanicznej - równania opisujące wiązania nie są parametryzowane na podstawie danych z już istniejących cząsteczek lecz są obliczane teoretycznie. W rzeczywistosci jednak również w tych metodach "pomaga się" teorii parametryzując empirycznie przynajmniej częsć równań.

-- 
Tomek "poli_merek" Ganicz
http://www.ceti.pl/kganicz/poli
http://www.ceti.pl/kganicz/rowery
http://www.ceti.pl/kganicz/dominis

• Następna wiadomość: krzychu: "Re: dwutlenek uranu"
• Poprzednia wiadomość: Andrzej Ledwig: "Odp: ArgusLab version 3 (beta)"
• W odpowiedzi na: Andrzej Ledwig: "Odp: ArgusLab version 3 (beta)"
• Następna w wątku: Andrzej Ledwig: "Odp: Odp: ArgusLab version 3 (beta)"
• Odpowiedz: Andrzej Ledwig: "Odp: Odp: ArgusLab version 3 (beta)"

To archiwum zostało wygenerowane przez hypermail 2.1.7 : Thu 08 May 2003 - 14:49:41 MET DST