Autor: Maciek (cisekm_at_poczta.onet.pl)
Data: Tue 27 Aug 2002 - 01:02:35 MET DST
> Czlowieku, jesli biezesz sie od razu za Gaussiana to
> (taka jest moja sugestia) zapoznaj sie dokladnie z
> metodami kwantowomechanicznymi. Jest tego lekko liczac
> cala biblia, czyli ok 5000 stron. Moze najpierw
> sciagnij sobie instrukcje do Gaussiana. Poza tym
> Gaussian nie ma interfejsu graficznego a wersja
> komercyjna to ok 3000 zl.
> Jurek
O ile wiem, to Gaussian jest komercyjnym narzędziem, nie wspominając o tym że by bo używać, trzeba mieć zaawansowaną matmę w "jednym paluszku". Jeżeli chodzi o problem znajomości kwantówki i przegrzebywania się przez dokumentację programów, to w zasadzie "nie ma zmiłuj się" - jaki byśmy program nie wybrali, te dwa warunki pozostaną. Jednak klopot z kosztem takich programów można rozwiązać w prosty sposób. Ja na codzień, do obliczeń, używam dwóch, zupełnie darmowych aplikacji: Mopac'a, Gamess'a i do wizualizacji wyników: Moldena. Sprawa z nimi nie jest jednak do końca taka różowa, bo Mopac i Gamess działają pod Linuxem. O ile mi wiadomo, istnieją ich wresje pod Windows, ale WinMopac jest (najprawdopodobniej) komercyjny, a co do wyników obliczeń Gamessa pod Windows, to słyszałem już wiele opinii o ich dyskusyjności (...że bzdury wychodzą po prostu...). Druga sprawa jest taka, że oba programy są dość kłopotliwe w obsłudze, bo dane wejściowe podaje się im w formie skryptu, a wyniki otrzymuje się również jako skrypt. O dość sporej dokumentacji i potrzebie znajomości kwantówki do obsługi tych programów nie ma co wspominać, zwłaszcza że Mopac wykorzystuje biblioteki, w których współczynniki do obliczeń powstały na podstawie danych doświadczalnych i trzeba dobrze się orientować jaki model obliczeniowy zastosować w danym przypadku. Jeżeli jednak ktoś potrzebuje profesjonalnego narzędzia do obliczeń, to gorąco polecam zarówno Mopac'a (do małych cząsteczek), jak i Gamess'a. Warto, bo są za darmoche, a poza tym, często spotykam się w bardzo poważnych publikacjach ze stwierdzeniem że wyniki w nich podane zostały uzyskane na podstawie tych programów. Jeżeli jednak potrzebujemy zwyczajnie narysować cząsteczkę i ją w przybliżony sposób zoptymalizopwać, to polecam ChemSketch'a pod Windows (za darmo, choć trochę głupawy) i HyperChema (nie jest za darmo, ale do doskonałe narzędzie, proste w obsłudze, dające dobre wyniki) Trochę się spisałem, ale nic to. Pozdrawiam serdecznie,
Strona Gamess'a:
http://www.msg.ameslab.gov/gamess/gamess.html
Strona Molden'a:
http://www.cmbi.kun.nl/~schaft/molden/molden.html
Strona ACDLabs'a, z której można ściągnąć ChemSketch'a:
http://www.acdlabs.com/download/
ja
Maciej Cisek
cisek_at_chemia.uj.edu.pl
To archiwum zostało wygenerowane przez hypermail 2.1.7 : Thu 08 May 2003 - 14:51:58 MET DST