Autor: Witek Mozga (mozgaw_at_rocketmail.com)
Data: Fri 18 Aug 2000 - 18:06:25 MET DST
Witam,
Mialem wlasnie okazje przeczytac nowo opublikowany na Chemfanie tekst zatytuowany:
"Przemy lenia na temat tworzenia program˘w przewiduj cych przebieg i wynik organicznych reakcjichemicznych".
Chcialbym wtracic swoje 3 grosze i skomentowac niektore wypowiedzi autora.
> Poniewaz wiec NIE MOZNA zalozyc A PRIORI ze dana reakcja
> NIE ZACHODZI postanowilem na razie nie budowac tej czesci bazy.
I slusznie. Chyba nie ma sensu budowac takiej bazy, gdyz wraz z nowymi odkryciami mozliwe staja sie reakcje, o ktorych wczesniej nikt by nie pomyslal. Byc moze okaze sie, ze nie ma reakcji niemozliwych.
> Wpisuje wiec tylko reakcje ktore NA PEWNO ZACHODZA. Z drugiej strony,
> patrzac na wieloetapowe syntezy np. lekow widac, jak w danych
> warunkach zachodzi glownie reakcja z jedna grupa, choc moglaby z dwoma
> innymi...Np. pirokatechol reaguje z kwasem chlorooctowym. Niby to
> reakcja Friedela-Craftsa, ale: wystarczy POCl3 zamiast AlCl3
> zachodzi ACYLOWANIE zamiast ALKILOWANIA, pomimo, iz chlor wydaje sie
> byc bardziej reaktywny niz grupa -COOH !
Autor zaniedbuje tu zagadnienie mechanizmu reakcji. W tym wypadku powstaje aktywowana grupa COOH w postaci chlorku kwasowego COCl (badz mieszanego bezwodnika z kwasem fosforowym), ktory jest bardziej reaktywny niz atom chloru.
> NIE ZACHODZENIE jest wiec nagminne,
> ale nie mozna go zalozyc ani wykluczyc
> z cala pewnoscia i to mnie w chemii najbardziej denerwuje.
A mnie najbardziej denerwuje nie tyle niezachodzenie co zachodzenie licznych reakcji ubocznych.
> Wszystko okazalo sie byc zbyt zawile, nawet proste reakcje nie
> sprowadzaja sie do prostych regul...Prostych regul (np. reguly
> Bredta)
> po prostu nie ma... Czesto reguly "intuicyjnie" wyczuwane przez
> chemikow przy blizszym rozpatrzeniu po prostu NIE ISTNIEJA!
Tu sie nie zgadzam. Proste reguly istnieja jak najbardziej. Z wlasnego doswiadczenia wiem, ze produkt lub mechanizm nowej, nieznanej reakcji mozna przewidziec na podstawie wczesniej zebranych prostych regul dotyczacych mechanizmow innych znanych reakcji. (Np. wegiel w grupie karbonylowej jest elektrofilowy, siarka jest silniejszym nuklefilem niz tlen, najszybciej zamyka sie pierscien trojczlonowy, itp.) Takie wiadomosci sa bardzo wazne, tylko, ze trudno je przelozyc na jezyk komputera. Mysle, ze do zapamietania takich regul lepiej nadawalaby sie siec neuronowa, ktora mozna by nauczyc prostych mechanizmow, i ktora na podstawie zebranych danych przewidywalaby produkty reakcji.
> PROGRAM DO CHEMII
> ORGANICZNEJ powinien to wszystko przewidywac i DZIALAC,
> a nie tylko
> dotykac problemu, jak Winmopac, ISISdraw i inne...
Nie wiem jak inne, ale ISIS draw sluzy jedynie do rysowania wzorow chemicznych i nie mozna mu zarzucac, ze nie umie czegos przewidywac. Co innego Hyperchem badz Gaussian.
> Poniewaz
> stwierdzilem, ze TAMTEGO programu moge nigdy nie skonczyc, a czas i
> wiedza nieuchronnie przemijaja, napisalem programik 'REAKCJE'.
No i program jest w porzadku. Przydalaby sie tylko jedna opcja, nazwijmy ja powiedzmy 'Learn', za pomoca ktorej moznaby program nauczyc nowej reakcji i budowac sobie ciagle rozrastajaca sie baze przemian chemicznych.
> Mawiaja, ze 'lepszy wrobel w garsci niz golab na dachu'. W ten sposb
> postapilem i ja. Jest on jak sciaga wsrod ksiazek, w ktorych autorzy
> wzajemnie siebie cytuja nie wnoszac nic nowego, wsrod rozdmuchanych
> rzeczami niepotrze- bnymi (np. orbitalami !!!)
No, nie zaniedbywalbym roli orbitali. Jak bez teorii orbitali molekularnych wyjasnic, ze czasteczka tlenu jest dwurodnikiem, albo, ze wiazania w benzenie nie sa zlokalizowane?
> Nie twierdze, ze to jest
> zupelnie niepotrzebne,
No to chwala Bogu :-)
> Zatem: NIE MA REGUL.
Ojojoj! Dlaczego tak ostro. Owszem wiele regul czasami zawodzi, ale to nie oznacza, ze ich nie ma. Reguly istnieja i maja sie dobrze, nie mozna tylko slepo w nie wierzyc. Zawsze trzeba brac poprawke, na sytuacje nowe i jeszcze nie sprawdzone. Niestety wiekszosc regul ma charakter doswiadczalny. Po prostu ktos przekonal sie, ze w serii doswiadczen bylo tak i tak, wiec tutaj tez bedzie tak samo, bo sa takie same warunki.
> Co wiecej, niektore nasze wyobrazenia o
> wplywie podstawnikow na reaktywnosc czy kwasowosc sa po prostu BLEDNE.
Nie bledne, lecz prawdziwe tylko w pewnych okreslonych warunkach.
> Moze jednak znalazlby sie
> ktos, kto zapaliby mnie na nowo do rozwiazania tego problemu ?
Nie znam sie na tym za bardzo, ale z tego co czytalem, to przyszlosc obliczen lezy chyba gdzie indziej. Byc moze sieci neuronowe albo komputery molekularne lub kwantowe. Jesli mialbym do czegokolwiek zachecac to do przestudiowania tych zagadnien.
Mam nadzieje, ze moje uwagi nie zostana odebrane negatywnie. Ich celem jest jedynie wywolanie dyskusji, a nie krytykowanie autora. Dlatego pozdrawiam Pawla Hoszowskiego i zycze mu sukcesow na chemiczno - komputerowym poletku.
Witek Mozga
mozgaw_at_rocketmail.com
mozga_at_trimen.pl
To archiwum zostało wygenerowane przez hypermail 2.1.7 : Thu 08 May 2003 - 14:48:10 MET DST