Re: modelowanie

Na pewno nawet modelowanie "na kolanie", o ile jest
poprawne ułatwia pewne sprawy. Co prawda nigdy nie
modelowalem czegokolwiek w HyperChemie, ale robilem
modele bialek w oparciu o homologie. Zreszta to czy
taki model jest zrobiony dobrze łatwo mozna sprawdzic
poprzez wyslanie go do PDB. Tam przyjmuja struktury z
NMRu i z dyfrakcji promieni X, a tylko niektore tzn.
te najlepsze zrobione metodami komputerowymi.Znajomy
robil model jakiegos cytochromu - do niedawna jeszcze
nie bylo zadnego dobrego obrazu krystalograficznego
czy z NMRu. Przyjeli mu go w PDB, a bylo to juz 3 lata
temu i w tym roku udalo sie to wykrystalizowac.
Struktura jest niemal identyczna, a calosc robil w
domu.

Samo modelowanie makromolekul i procesow
towarzyszacych ich istnieniu nie jest praktycznie
mozliwe do zrobienia na domowym PC. Sam teraz robie
symulacje dynamiki molekularnej i np. policzenie
trajektorii 3 aminokwasowego peptydu dla czasu 500 ps
zajmuje mi w Gromacsie okolo 3- 4 dni. Uklad 203
aminokwasowy musze juz liczyc na wielo procesorowym
klastrze i tez to troche zajmuje. Zwlaszcza ze czas
symulacji rosnie wykladniczo a i liczba stopni swobody
rosnie bardzo. A wykonuje obliczenia tylko w oparciu o
zalozenia dynamiki ruchu Newtona. Duzo bardziej
wartosciowe sa np. obliczenia Car-Parrinello, ale to
juz trzeba superkomputery a i czasy procesu dynamiki
bialka beda sporo krotsze.

Uwazam jednak, ze warto probowac sprawdzic cos na
domowym komputerze. Problem u nas jest jednak wciaz
taki, ze nie ma wielu specjalistow od takich rzeczy i
ludzie tak naprawde sami sie ucza wszystkiego, co moze
powodowac brak krytycznego podedejscia do sprawy czy
nie zauwazanie bledow. Ale jak powtarza jeden z moich
wykladowcow: świat dzieli sie na samoukow i na...
nieukow.

Pozdrawiam,

Michal W.

__________________________________________________
Do You Yahoo!?
Tired of spam? Yahoo! Mail has the best spam protection around
http://mail.yahoo.com
Received on Wed Apr 25 19:12:01 2007