Re: modelowanie

--- Witek Mozga <mozga@trimen.pl> wrote:

> Witam,
>
> Mam pytanie do osób zajmujących się modelowaniem
> komputerowym.
> Zauważyłem, że w wielu pracach magisterskich czy
> doktorskich moich
> znajomych pojawiają się struktury wymodelowane "na
> kolanie" za pomocą
> HyperChema, które to struktury mają służyć
> potwierdzeniu bądź
> zaprzeczeniu czegoś-tam, co się w tych pracach bada.
> Czy takie
> podejście ma sens? Czy recenzent nie powienien
> zwrócić uwagi, że
> modelowanie to proces raczej skomplikowany i
> wymagający odrobiny
> wiedzy na temat parametrów, itp? Czy może obecne
> domowe PC sa na tyle
> mocne, a oprogramowanie na tyle inteligentne, że
> rzeczywiście
> wystarczy odpalić HyperChema i modelowanie daje
> jakieś konkretne
> wyniki ad hoc?

Modelowanie na kolanie - slusznie zauwazyles wymaga
wiedzy. Metody mechaniki molekularnej, polempiryczne
czy ab initio znajduja zastosowanie do konkretnych
grup zwiazkow. Ukladu bialkowego nie bedziesz
modelowal metodami zaawansowanymi bo po prostu
komputer ci siadzie. Do tego typu ukladow z
powodzeniem wystarcza wlasnie te metody. Wystarczy
optymalizacja przestrzenna ukladu, centrum aktywne
mozna zoptymalizowac juz barzdiej zaawansowanymi.
Oczywiscie jesli recenzent nie ma pojecia o tym - to
prace mozna przepchnac. Ale jej wartosc jest ....
dyskusyjna

>
> Podobnie z widmami NMR. Ludzie symulują sobie widma
> w celu
> potwierdzenia np. konformacji. Według mnie taka
> symulacja nie daje
> dużej pewności, że wynik będzie zgodny z
> rzeczywistością.
>
>

Jeszcze sie taki nie narodzil co modeluje NMR zgodnie
z rzeczywistoscia. dla prostych ukladow - to
faktycznie ma sens, ale gdy wstawimy np. atom bromu
..... zaczynaja sie cuda. Caly problem polega na tym
iz uklady skaplikowane niestety nie daja dobrych
wynikow, niezaleznie od metody.

> --
> Witek
> http://www.trimen.pl/witek/
>
>
>

Jerzy (George) Peszke Ph. D.
Depatment of Organic Chemistry
Jan Dlugosz University
Armii Krajowej Av. 13/15
42-200 Czestochowa, Poland

__________________________________________________
Do You Yahoo!?
Tired of spam? Yahoo! Mail has the best spam protection around
http://mail.yahoo.com
Received on Wed Apr 25 15:17:31 2007